L’ANEC dispose d’un Conseil d’Orientation et de Contrôle (COC) qui est son organe de gouvernance politique, et qui veille sur ses orientations stratégiques, son bon fonctionnement et sur ses performances à travers des sessions périodiques sur l’état de mise en œuvre des plans stratégiques et opérationnels. Il a également un pouvoir d’interpellation et de conseil à la Direction générale. Le Conseil d’Orientation et de Contrôle est chargé de définir les orientations stratégiques de l’Agence et s’assurer de la bonne exécution de ses missions. Il est composé de huit (8) Ministres, du Directeur de cabinet du Premier Ministre et deux (2) personnalités représentant le secteur privé, choisies sur la base de leur compétence et leur notoriété internationale.